본 게시글은 학부 '생물정보학(Bioinformatics)' 강의를 토대로 필자가 이해한 내용을 정리하였습니다.   생물학을 정진하는 3, 4학년에게도 NGS는 생소할 것이다. 물론 알아본 데이터들이 어떻게 생기는 지는 중요하지 않다. 우리가 직접 생산하는 집단이라면 이들이 중요할 수는 있겠으나 이제 대부분 업체가 생산한다. 우리가 DNA, RNA sample을 PREP을 해야하겠지만, DNA 또는 RNA 상태로 그냥 보내면 그것들을 데이터로 받아볼 수 있다. 이러한 이유로 데이터가 어떻게 생겼는지 아는 것이 중요하다. Youtube 사이트에 회사들이 잘 설명해 놓았다.   Illumina - short readPacBio - Long read, 일루미나에 비해 방식이 완전 다르다. Long read 방..

본 게시글은 학부 '세포생물학' 강의를 토대로 필자가 이해한 내용을 작성하였습니다.     3.1 Metabolic Energy and ATP The Laws of Thermodynamics 제 1법칙 : 에너지 보존 법칙계(system)와 그 주변의 총 에너지는 일정하게 유지된다.에너지는 한 형태에서 다른 형태로 전환될 수 있다. 제 2법칙계의 무질서도(엔트로피, entropy)는 시간이 지남에 따라 증가계는 자발적으로 더 큰 엔트로피 상태로 변화깁스 자유 에너지(Gibbs Free Energy, G)ΔG = ΔH - TΔSΔG  ATP의 역할(The Role of ATP)세포 내 조건에서 ΔG > 0인 반응은 추가적인 에너지원이 필요하다.For example :A ⇌ B ΔG = + 10 kcal /..

본 게시글은 학부 강의 '생물정보학(Bioinformatics)'를 토대로 필자가 이해한 내용을 정리하였습니다.   Genomics와 Transcriptomics. 여기에는 연구진들이 현재 가장 활발하게 연구되어 있고 가장 많이, 쉽게 이용할 수 있다. 그렇다면 이 데이터들이 어떻게 나오는지 알아야 하지 않겠는가? 앞서 배운 여러 장비들을 이용해서 우리가 데이터를 생산한다. 그래서 정리된 sequencing data를 열면 아래와 같은 4줄의 data를 확인할 수 있다.  이 4줄이 한 쌍이다. 무조건 4줄 단위로 해야 한다. 이 4줄이 Read 하나. DNA, RNA를 '읽었다'는 것.이 데이터를 자르거나 분할하거나 할 때에는 무조건 4줄 단위로 해야한다.Short-read, Long-read 모두 4..

본 게시글은 학부 '생물정보학' 강의를 수강한 내용을 토대로 이해한 바를 정리하였습니다.  흐름 잘타야 한다. 여기를 잘 이해하느냐가 성적을 좌우할 것이다.- Neverthe1ess  우리는 수능의 민족. 중학교 고등학교를 거쳐 수능을 치르고 대학교에 입학했다. 우리는 공부를 더 잘하고 싶다. 우리는 각자 개개인이 공부하고 싶은 과목이, 잘하는 과목이 있었을 것이다. 하지만 우리는 수능을 치르기 위해서는 하기 싫은 과목도 공부해야 했다. 그랬기에, 우리의 성적은 전체적으로 하향평준화가 되었을지도 모른다. 이와 달리 대학교에서는 우리가 듣고 싶은 과목을 골라 들을 수 있다.(물론 빠른 클릭과 타이밍을 재는 능력은 필수.) 공부를 오래한 사람과 그렇지 않은 사람. 한 분야에 오래 종사한 사람과 그렇지 않은 ..

본 게시글은 학부 강의 '생물정보학(Bioinformatics)'를 수강한 내용을 토대로 필자가 이해한 점들을 정리하였습니다.Sequencing(시퀀싱, 염기서열 분석)  DNA sequence RNA sequence  Sequencing의 역사 1977년 Sanger의 Sanger method 개발분자생물학이라는 학문이 생기면서 우리는 DNA 서열을 모르면 분자생물학을 제대로 이해할 수 없게 되었다. 그 가장 흔한 Cloning 실험 조차도 우리는 서열을 모르면 진행할 수 없다. 우리가 배우는 Enzyme site. 제한 효소가 자르는 자리를 알기위해서는 Sequencing 기술이 있기에 가능하다. 우리가 아무 생각없이 행해왔던 실험은 모두 sequencing이라는 기술이 있었기에 지금의 모든 학문이 ..

본 게시글은 학부 수업 '세포생물학(Cell Biology)'을 토대로 필자가 이해한 내용을 정리하였습니다.  2.1 The Molecules of Cells Chemical bonds(화학 결합)공유 결합(Covalnt Bonds)원자 간의 가장 강력한 상호작용전자 쌍을 공유단일 결합 : 전자 한 쌍을 공유이중 결합 : 전자 두 쌍을 공유, 단일 결합보다 강력비극성 공유 결합(Nonpolar) : 전자를 균등하게 끌어당김극성 공유 결합(Polar) : 전자에 대한 끌어당김이 불균등 이온 결합(Ionic Bonds)전자가 공유되지 않고 한 원자핵으로 완전히 이동양이온과 음이온 사이의 정전기적 인력으로 형성 수소결합(Hydrogen Bonds)양전하를 띤 수소 원자와 음전하를 띤 질소 또는 산소 원자 사이..

본 게시물은 학부 '생물정보학(Bioinformatics)' 강의를 토대로 필자가 이해한 내용을 정리하였습니다.   바이오 빅데이터의 생산 과정 Large datasets generated by complex equipmentData management - storage, transfer, data transformation : domain of Information TechnologyData analysis - mapping, assembly, algorithm scaling : domain of Computer ScienceStatistical challenges - traditional statistiscs is not well suited for modeling systematic errors o..

본 게시글은 학부 '세포생물학' 강의를 토대로 필자가 이해한 내용을 정리하였습니다. 1.1 The origin and Evolution of Cells  Learning Objectives Explain how the firsh cell originated.Describe the major steps in evolution of metabolism.Illustrate the structures of eukaryotic and prokaryotic cells.Outline the evolution of eukaryotic cells and multicellular organisms.    세포의 탄생  최소 38억년 전, 대략 지구가 생겨난 지 7억 5천만 년 후에 태어난 것으로 예측하고 있다.간단한 유기..

나는 누구인가     내가 살아있음을 느낄 때. 말하고 움직이고 웃고 울고..빅뱅이라는 거대한 한 사건을 시작으로 어떻게 잡다한 물질들이 모이고 모여 이렇게 말도 안되는 문명을 창궐하게 되는 일이 벌어질 수 있었는가.정말 신의 섭리에 따라 흘러갔을 수도 있다. 세포가 탄생하기 전까진. 모두가 신의 뜻에 따라 흘러갈 때, 자연의 법칙을 거스르려 하는 존재가 나타났다. 바벨탑을 만들어 그와 동등해져 보려고 했고, 죽음을 눈 앞에 둔 사람을 '기적'이라는 이름으로 살려내기도 하였으며, 더운 여름에는 시원함을, 추운 겨울에는 따뜻함을 만들어 내기도 하였다. 이러한 일들을 오로지 세포들이 모여 이루어 낸 작품이라는 것은 생물학을 배우는 나로써도 납득하기 어렵다. 어쩌면 프로메테우스의 불은 세포가 아니었을까?

본 게시글은 학부에서 진행되는 '생물정보학(Bioinformatics)' 수업을 수강하며 필자가 이해한 바를 정리한 내용입니다.   나에게 있어 기초과학은 말그대로 '기초' 과학. 원론적인 내용들을 탐구하고 밝혀내는 학문으로 알고 있었다. 그러기에 이를 탐구하는 방법 또한 매우 고전적일 수 밖에 없을 것이라 생각했다. 수많은 피펫팅과 검출의 반복으로 끝내 어떠한 매커니즘을 알아내는... 진정한 낭만의 학문이라 생각했다. 그 기다림이 낭만이고 그 결실을 더 의미있게 만들어주는 과학이라 믿었다. 하지만 세상은 매우 빠르게 달라지고 있다. 컴퓨터는 우리의 삶에 거의 대부분 녹아들었고 연구활동 또한 예외는 아니었던 것이다. 이제는 컴퓨팅 자체는 별개의 학문이 아닌 모든 학문을 유기적으로 연결해주기 위한 매개체가..

사람들이 생각하는 삶의 낙 중에 하나는 먹는 것이 아닐까. 심지어 우리의 3대 욕구 중 하나이기도 하다. 애초에 우리는 살아가기 위해서는 먹어야 한다. 우리가 일하는 이유도 다 먹고 살기 위해서 하는 것 아닌가! 우리가 그토록 맛집을 찾아 떠날만큼 맛은 우리에게 매우 중요한 요소이다. 우리가 음식을 느끼는 것은 그 코를 찌르는 맛있는 냄새와 뒤통수를 탁 치고 들어가는 맛이었다. 그렇기에 이 맛의 즐거움을 느끼게 해주는 이 세치 혀와 코는 우리에게 너무도 고마운 존재이지만.. 단지 이 쾌락을 위해서만 존재하는 것이 아닐터.  맛(Gustation)과 냄새(Olfacation)는 음색, 친족, 짝, 방향을 감지하는 데 중요한 역할을 한다.맛과 냄새는 상태 체크를 위한 checkpoint로서의 역할이다. 동물..

위대한 변화는 작은 것들에서 시작된다.Lev Tolstoy   우리 몸을 흔히 똥 만드는 기계라고들 한다. 우리 몸은 똥을 생산하기 위해 어마무시한 공장인 것이다. 마치 포항제철소, 광양제철소와 비슷하다. 이들도 회사다. 회사는 각자의 분업화된 전문 부서가 존재하고 이들이 소통을 통해 다같이 같은 목표를 이루어나간다. 하지만 부서 사이에서 소통이 부족하다면 오해가 생기고, 결과물이 만들어지는 시간은 훨씬 오래걸리게 된다. 우리 생명체도 비슷하다. 소화를 하는 곳과 몸을 움직이는 곳 등등 여러 부서들이 존재하고 그들 사이에 협응이 잘 이루어지기 위해서는 그들도 소통이 필요할 것이다. 그런데 그들에게는 입이 없다. 호그와트의 부엉이도 없다. 그러면 무엇으로 그들은 서로에게 대화를 할 수 있었기에 우리 몸은 ..