본 게시글은 학부 '세포생물학' 강의와 강의교재(The Cell : A Molecular Approach, Geoffrey M. Cooper)를 토대로 이해한 바를 정리하였습니다.  Contents 9.1 Gene Regulation in E.coliExplain how loactose regulates transcription of the lac operonDistinguish between positive and negative controlExplain why repressors inhibit but activators stimulate transcription 9.2 Transcription Factors in EukaryotesCompare and contrast promoters and enh..

본 게시글은 학부 '세포생물학' 강의와 강의 교재(The Cell : A Molecular Approach, Geoffrey M. Cooper)를 토대로 이해한 바를 정리하였습니다  Contents 8.1 Transcription in BacteriaExplain how E.coli RNA polymerae initiates transcriptionDiagram a bacterial promoter sequenceDescribe the processes of transcriptional elongation and termination  8.2 Eukaryotic RNA Polymerases and General Transcription FactorsSummarize the roles of differen..

본 게시글은 학부 '세포생물학' 강의와 강의 교재(The Cell : A Molecular Approach, Geoffrey M. Cooper)를 토대로 이해한 바를 정리하였습니다. Contents 7.1 DNA ReplicationCompare the roles of DNA polymerases in E.coli with those in mammalian cellsContrast the mechanisms of synthesis of the leading and lagging strands of DNAIdentify the proteins found at replication forks of bacteria and mammalian cellsDescribe the mechanisms that ensur..

본 게시글은 학부 '세포생물학' 강의와 강의 교재(The Cell : A Molecular Approach - Geoffrey M.Cooper)를 토대로 이해한 바를 정리하였습니다.  Contents 6.1 The Structure of Eukaryotic Genes 6.2 Noncoding Sequences 6.3 Chromosomes and Chromatin     6.1 The Structure of Eukaryotic Genes  그림에서 보다시피, 진핵생물의 유전자는 일반적으로 원핵생물보다 훨씬 크고 복잡하다.  Inrons and Exons  유전자는 Coding sequence인 exon과 이를 분리하는 non-coding sequence인 intron으로 이루어진 split structur..

본 게시글은 학부 '세포생물학' 강의와 강의 교재("The Cell, A Molecular Approach / Geoffrey M. Cooper")를 토대로 작성되었습니다.   Contents5.1 Genomes and Transcriptomes5.2 Proteomics 5.3 Systems Biology   5.1 Genomes and TranscriptomesKey pointsBacteria와 Yeasts의 유전자 수를 비교Genome의 유전자 수를 비교초파리, 애기장대의 Genome에 대한 Coding과 non-coding의 영향력다른 척추동물(Vertebrate)에 대한 연구가 인간 유전체학을 이해하는 데 유용한 이유NGS에 사용되는 접근법과 개요 설명유전자 발현을 연구하는 데 사용되는 글로벌 방..

내가 들은 세미나 강의Plenary Talk Realtional Learning & Memory without the Mammalian Hippocampusprof. Robert Gerlai (University of Toronto Mississauga, Canada)The Origin of the Vertebrate Head : Insights orom the Proto-Vertebrate Model Cionaprof. Takehiro Kusakabe (Konan University, Japan)   1st. Relational Learning & Memory without the Mammalian Hippocampus제브라 피쉬의 관계 학습과 기억 주요 내용관계 학습은 다양한 조건 자극과 그들 간의 ..

본 게시글은 학부 '생물정보학(Bioinformatics)' 강의를 토대로 필자가 이해한 내용을 정리하였습니다.  데이터가 어떻게 생겨나는지 알아보았다. 언급했던 회사에 취직하지 않는 이상 우리가 직접 만들어내는 일은 없지 않을까. 그래서 한낱 머글에 불과한 우리는 연구진들이 만들어 놓은 데이터를 다운받아서 사용할 것이다. 데이터가 의미를 가지고 공신력이 생기려면 어디에 보관되어있는지 기록되어 있고, 누구나 다운로드 받을 수 있어야 한다. Data가 Deposit되어 있어야 한다는 것. 이제 데이터를 쇼핑하러 가자.    미국 : NCBI유럽 : EBI일본 : DDBJ중국 : CNBGNG한국 : KBDS 중국은 현재 NCBI와 정보를 공유하고 있지 않다. NCBI와 같은 사이트는 일종의 클라우드 개념이라..

본 게시글은 학부 '세포생물학' 강의와 'The Cell : A Molecule Approach - Geoffrey M.Cooper' 교재를 토대로 필자가 이해한 내용을 정리하였습니다.    4.1 Heredity, Genes, and DNA 유전자와 염색체(Genes and Chromosomes)  유전자(Genes) : 유전 인자대립 유전자(Alleles) : 각각의 형질은 부모로부터 하나씩 상속받은 유전자의 복사본  노란색(Y) : 우성, Dominant녹색(y) : 열성, Recessive유전자형(Genotype) : 유전적 구성표현형(Phenotype) : 물리적 외형        염색체(Chromosomes) : 유전자를 운반하는 매개체이배체(Diploid) : 각 염색체의 두 복사본을 가진다..

본 게시글은 학부 '생물정보학(Bioinformatics)' 강의를 토대로 필자가 이해한 내용을 정리하였습니다.   생물학을 정진하는 3, 4학년에게도 NGS는 생소할 것이다. 물론 알아본 데이터들이 어떻게 생기는 지는 중요하지 않다. 우리가 직접 생산하는 집단이라면 이들이 중요할 수는 있겠으나 이제 대부분 업체가 생산한다. 우리가 DNA, RNA sample을 PREP을 해야하겠지만, DNA 또는 RNA 상태로 그냥 보내면 그것들을 데이터로 받아볼 수 있다. 이러한 이유로 데이터가 어떻게 생겼는지 아는 것이 중요하다. Youtube 사이트에 회사들이 잘 설명해 놓았다.   Illumina - short readPacBio - Long read, 일루미나에 비해 방식이 완전 다르다. Long read 방..

본 게시글은 학부 '세포생물학' 강의를 토대로 필자가 이해한 내용을 작성하였습니다.     3.1 Metabolic Energy and ATP The Laws of Thermodynamics 제 1법칙 : 에너지 보존 법칙계(system)와 그 주변의 총 에너지는 일정하게 유지된다.에너지는 한 형태에서 다른 형태로 전환될 수 있다. 제 2법칙계의 무질서도(엔트로피, entropy)는 시간이 지남에 따라 증가계는 자발적으로 더 큰 엔트로피 상태로 변화깁스 자유 에너지(Gibbs Free Energy, G)ΔG = ΔH - TΔSΔG  ATP의 역할(The Role of ATP)세포 내 조건에서 ΔG > 0인 반응은 추가적인 에너지원이 필요하다.For example :A ⇌ B ΔG = + 10 kcal /..

본 게시글은 학부 강의 '생물정보학(Bioinformatics)'를 토대로 필자가 이해한 내용을 정리하였습니다.   Genomics와 Transcriptomics. 여기에는 연구진들이 현재 가장 활발하게 연구되어 있고 가장 많이, 쉽게 이용할 수 있다. 그렇다면 이 데이터들이 어떻게 나오는지 알아야 하지 않겠는가? 앞서 배운 여러 장비들을 이용해서 우리가 데이터를 생산한다. 그래서 정리된 sequencing data를 열면 아래와 같은 4줄의 data를 확인할 수 있다.  이 4줄이 한 쌍이다. 무조건 4줄 단위로 해야 한다. 이 4줄이 Read 하나. DNA, RNA를 '읽었다'는 것.이 데이터를 자르거나 분할하거나 할 때에는 무조건 4줄 단위로 해야한다.Short-read, Long-read 모두 4..

본 게시글은 학부 '생물정보학' 강의를 수강한 내용을 토대로 이해한 바를 정리하였습니다.  흐름 잘타야 한다. 여기를 잘 이해하느냐가 성적을 좌우할 것이다.- Neverthe1ess  우리는 수능의 민족. 중학교 고등학교를 거쳐 수능을 치르고 대학교에 입학했다. 우리는 공부를 더 잘하고 싶다. 우리는 각자 개개인이 공부하고 싶은 과목이, 잘하는 과목이 있었을 것이다. 하지만 우리는 수능을 치르기 위해서는 하기 싫은 과목도 공부해야 했다. 그랬기에, 우리의 성적은 전체적으로 하향평준화가 되었을지도 모른다. 이와 달리 대학교에서는 우리가 듣고 싶은 과목을 골라 들을 수 있다.(물론 빠른 클릭과 타이밍을 재는 능력은 필수.) 공부를 오래한 사람과 그렇지 않은 사람. 한 분야에 오래 종사한 사람과 그렇지 않은 ..