본 게시글은 학부 '생물정보학(Bioinformatics)' 강의 교수님의 지도 하에 진행된 팀 프로젝트입니다.  먼저 나는 태어나서 처음 접한 이 NCBI라는 사이트에 적혀있는 말들이 무슨 뜻인지 부터 알 필요가 있었다. 말도 안되는 양의 생물학 데이터들이 즐비한 이 곳에서 구글처럼 다루기 위해서라면.  Phase 2. NCBI & Ensembl 사이트 사용법 익히기 본격적으로 우리가 정한 조사 주제를 하기 전에 NCBI를 둘러보고 어떻게 써먹어야 하는지를 알기위해 사용법을 익혀보았다.잘 알려진 유글레나(Euglena)에 대해 검색을 해보자. 웬만하면 Long read가 좋다. Euglena pacbio라고 검색한 결과창이다.  결과창 오른쪽 중간을 보면 이 표를 볼 수 있다. BioProject의 p..

본 게시글은 학부 '세포생물학' 강의와 강의 교재(The Cell : A Molecular Approach, Geoffrey M.Cooper)를 토대로 정리하였습니다. Contents 10.1 Translation of mRNAExplain the role of tRNAs in translationDescribe the structure and function of ribosomesContrast the initiation of translation in bacterial and eukaryotic cellsOutline the events of initiation, elongation, and termination of translationSummarize the mechanisms that regul..

본 게시글은 학부 '세포생물학' 강의와 강의교재(The Cell : A Molecular Approach, Geoffrey M. Cooper)를 토대로 이해한 바를 정리하였습니다.  Contents 9.1 Gene Regulation in E.coliExplain how loactose regulates transcription of the lac operonDistinguish between positive and negative controlExplain why repressors inhibit but activators stimulate transcription 9.2 Transcription Factors in EukaryotesCompare and contrast promoters and enh..

본 게시글은 학부 '세포생물학' 강의와 강의 교재(The Cell : A Molecular Approach, Geoffrey M. Cooper)를 토대로 이해한 바를 정리하였습니다  Contents 8.1 Transcription in BacteriaExplain how E.coli RNA polymerae initiates transcriptionDiagram a bacterial promoter sequenceDescribe the processes of transcriptional elongation and termination  8.2 Eukaryotic RNA Polymerases and General Transcription FactorsSummarize the roles of differen..

본 게시글은 학부 '세포생물학' 강의와 강의 교재(The Cell : A Molecular Approach, Geoffrey M. Cooper)를 토대로 이해한 바를 정리하였습니다. Contents 7.1 DNA ReplicationCompare the roles of DNA polymerases in E.coli with those in mammalian cellsContrast the mechanisms of synthesis of the leading and lagging strands of DNAIdentify the proteins found at replication forks of bacteria and mammalian cellsDescribe the mechanisms that ensur..

본 게시글은 학부 '세포생물학' 강의와 강의 교재(The Cell : A Molecular Approach - Geoffrey M.Cooper)를 토대로 이해한 바를 정리하였습니다.  Contents 6.1 The Structure of Eukaryotic Genes 6.2 Noncoding Sequences 6.3 Chromosomes and Chromatin     6.1 The Structure of Eukaryotic Genes  그림에서 보다시피, 진핵생물의 유전자는 일반적으로 원핵생물보다 훨씬 크고 복잡하다.  Inrons and Exons  유전자는 Coding sequence인 exon과 이를 분리하는 non-coding sequence인 intron으로 이루어진 split structur..

본 게시글은 학부 '세포생물학' 강의와 강의 교재("The Cell, A Molecular Approach / Geoffrey M. Cooper")를 토대로 작성되었습니다.   Contents5.1 Genomes and Transcriptomes5.2 Proteomics 5.3 Systems Biology   5.1 Genomes and TranscriptomesKey pointsBacteria와 Yeasts의 유전자 수를 비교Genome의 유전자 수를 비교초파리, 애기장대의 Genome에 대한 Coding과 non-coding의 영향력다른 척추동물(Vertebrate)에 대한 연구가 인간 유전체학을 이해하는 데 유용한 이유NGS에 사용되는 접근법과 개요 설명유전자 발현을 연구하는 데 사용되는 글로벌 방..

내가 들은 세미나 강의Plenary Talk Realtional Learning & Memory without the Mammalian Hippocampusprof. Robert Gerlai (University of Toronto Mississauga, Canada)The Origin of the Vertebrate Head : Insights orom the Proto-Vertebrate Model Cionaprof. Takehiro Kusakabe (Konan University, Japan)   1st. Relational Learning & Memory without the Mammalian Hippocampus제브라 피쉬의 관계 학습과 기억 주요 내용관계 학습은 다양한 조건 자극과 그들 간의 ..

본 게시글 내용은 학부 '생물정보학(Bioinformatics)' 강의에서 교수님 지도 하에 진행된 팀프로젝트 입니다.    바야흐로 2024년 10월 30일 인생은 실전이라 했다. NGS가 어떻고 DNA-seq, RNA-seq이 어떻다는 걸 머릿 속에만 있다면 과연 이것은 우리가 알고 있다고 할 수 있을까? 도구를 쥐어주었으면 써야하지 않겠는가. 이제 종강까지 대장정 프로젝트를 시작할 것이다. 우리는 NGS 모델을 이용하여 현재 밝혀져있는 DNA와 RNA 시퀀스를 가지고 alignment를 진행하여 우리가 관심있는 유전자에 관계성을 찾아 해석을 해보려 한다. 우리가 진행할 sequencing은 RNA-seq이다. Sequencing 중 가장 간단하고 알아낼 것들이 많은 sequencing이다. 앞서 설..